Желудочно-кишечный тракт, благодаря «открытости» во внешнюю среду, разнообразию функций (трофические, экскреторные), большому числу составляющих — полость рта, пищевод, желудок, тонкая и толстая кишка, печень и желчевыводящие пути, поджелудочная железа с ее внешнесекреторной деятельностью — подвержен многочисленным и разнообразным по проявлениям заболеваниям.
Для их лечения применяют лекарственные средства различных фармакологических групп, в том числе средства, замещающие, стимулирующие или ослабляющие секреторную функцию пищеварительных желез (горечи, антациды, желчегонные, блокаторы гистаминовых Н2-рецепторов, отдельные ферменты или их комплексы и др.), препараты, стимулирующие или ослабляющие двигательную активность гладкой мускулатуры пищеварительной трубки, желчных и панкреатических протоков (холиномиметики, холиноблокаторы, прямые спазмолитики), рвотные (при отравлениях) и противорвотные средства, противоязвенные препараты (при изъязвлениях желудка, кишечника), антибиотики и другие антибактериальные препараты (при инфекционных поражениях), гепатопротекторы и т.д.